闽台书院的发展，从地域来说，经历了从闽北向省会福州转移的过程；从文化形态来看，表现为早期的山林文化（地点、私学）向都市文化（地点、官学）的转移。清统一台湾后，古老的书院又跨越了海峡。从思想史发展的角度而言，书院与理学关系密切，故闽台书院文化的转移与跨越，同时也是理学重心的转移与跨越。在此进程中，有三所书院最具代表性，分别是朱熹的考亭沧洲精舍，山林文化的代表；清代福州的鳌峰书院，都市文化的代表；台湾的海东书院，则是福建书院文化跨越海峡的主要代表。

　　朱熹对重振中国书院文化产生了巨大的作用。与朱熹生平有关的书院多达60多所。其中最重要的，有他修复的白鹿洞和岳麓书院；有他创建的建阳寒泉、云谷晦庵、考亭沧洲和武夷精舍，成为朱子学产生和传播的大本营。

　　考亭沧洲是朱熹晚年创建的最后一所书院。当时，南方各省的一大批门人弟子聚集于此，积极开展各种学术文化活动，使当时的考亭书院成为继承孔孟原始儒学，开创新儒学的大舞台，在中国思想史、教育史上树立起一座巍峨的丰碑。

　　清代闽台书院最显著的特点，是早期学者所推崇的“择胜地，立精舍”的恋山情结基本终结，书院文化的重心开始向都市转移。全省四大书院鳌峰、凤池、正谊和致用书院均集中在福州，就是明证。鳌峰书院创建者张伯行是清初著名的理学家和教育家。书院以复兴朱子学为宗旨，仿效考亭书院崇先贤之例建五子祠，奉祀理学先贤周（敦颐）、张（载）、二程和朱熹，以明学统；以《四书集注》等为教材；编《学规类编》将朱熹《白鹿洞书院揭示》列在首卷。

　　鳌峰书院的崛起及其在全省最高学府地位的确立，既是福建书院文化的重心向都市转移得以确立的标志，也是历代闽学重镇均在闽北，至清初终于向省会福州转移的标志。

　　始创于康熙五十九年（1720）海东书院，是台湾史上最著名的书院。乾隆年间，已有“全台文教领袖” 之誉。当时，台湾是福建的一个府，就有一个选拔优秀学员到全省最高学府——福州鳌峰书院深造的问题。由于海峡阻隔，“诸生一仰止‘鳌峰’，且不免望洋而叹也”。（杨二酉《海东书院记》）故海东之设，是为台湾学子免除蹈海奔波之劳。乾隆五年，海东由全台的府级书院而跃升为与鳌峰“并峙”的省级“直辖”书院，也是全省第二所省级书院。

　　要真正取得与鳌峰“并峙”的地位，其首要前提，无疑是要在教学质量上，使台湾学子不必跨海赴学也能取得相同的学习效果。正因如此，鳌峰书院的办学模式和书院教育制度就成了海东书院的刻意参照和模仿的对象。

　　以海东书院为代表的台湾书院的发展史，实际上就是以传播朱子学的书院由海峡西岸向海峡东岸跨越的历史，是闽台书院从山林文化向都市文化的转移得以确立之后，在台湾的一种延续和发展。这种跨越表现为，跨海而来的福建官员和学者共同努力，成为台湾书院成功办学的关键；内地书院的成功经验和办学模式在台湾书院建设中起到了主导作用；在以朱子学治台的政策导向中，朱子学始终是台湾书院教育的一面旗帜。

　　爱国主义教育是历代教育家极其重视的教学内容。这种现象，也充分体现在闽台书院的教学实践中，并由此形成了闽台书院讲学的爱国主义传统。