随着中央《关于加强中国特色新型智库建设的意见》印发和25家机构入选首批国家高端智库建设试点单位，中国特色新型智库建设进入了由国家统筹协调推进的新阶段。科学推进中国特色新型智库建设，应加强顶层设计，正确处理好以下五大关系。

　　统筹协调发展与自由自主发展的关系。中国特色新型智库建设，不能采用西方智库自由发展的办法，必须坚持统筹协调发展与自由自主发展相结合，切实处理好二者之间的关系。一方面，要坚持统筹协调发展原则，加强智库建设的顶层设计、整体规划和宏观指导，包括不同层级、不同类型、不同区域智库的统筹协调，避免出现智库建设的同质化、同位化、同类化。坚持稳步发展、逐步推进，避免在智库建设过程中出现一哄而上的“大跃进”。另一方面，要坚持自由自主发展原则，尊重智库自身发展规律，减少智库研究束缚，减轻智库考核压力，使各类智库立足自身优势和鲜明特色自由自主发展。智库自身在发展中要有立足长远的战略眼光、自由自主的发展定力、清晰可持续的发展定位，坚持有所为有所不为，善于扬长避短，善于打造特色优势品牌，避免研究上的盲目跟风、浮躁逐利。

　　智库研究机构与政府决策部门的关系。智库研究机构与政府决策部门之间的关系不仅影响智库自身的发展，而且影响政府决策的科学化水平。中国特色新型智库建设必须处理好二者之间的关系，也就是智库建设供给侧与需求侧的关系。首先，二者都要高度重视智库建设，避免一头热、一头冷。特别是政府决策部门要支持智库的决策咨询研究，相信智库决策咨询研究水平，尊重智库决策咨询研究成果，注重发挥智库的决策咨询作用。其次，建立完善的交流对接机制，避免出现供需错配。完善决策部门的决策需求信息发布机制、重要任务委托机制等，以保证智库能够适时掌握决策需求，并按照决策需求进行研究。建立智库研究成果评价机制，强化智库研究的问题导向，鼓励智库立足决策需求开展研究。最后，加强决策咨询产品采用情况及其有效性的信息反馈，保证智库对其决策咨询研究成果的知情权，引导智库确立正确发展方向、完善决策咨询研究机制，进行更加科学有效的决策咨询研究。